Ведомственный ясли-сад станции Тогучин создан в 1936 году. В 1999 году Учреждение было передано в распоряжение администрации города Тогучина. В 1999 году постановлением главы территориальной администрации Тогучинского района Новосибирской области от 07.12.1999 №598 Учреждение переименовано в муниципальное дошкольное образовательное учреждение Тогучинский детский сад №5 «Аленький цветочек» комбинированного вида. На основании постановления главы Тогучинского района Новосибирской области от 08.02.2006 № 25 зарегистрирована новая редакция Устава муниципального дошкольного образовательного учреждения Тогучинского района Тогучинского детского сада №5 «Аленький цветочек» комбинированного вида.На основании постановления администрации Тогучинского района Новосибирской области от 05.08.2009 № 690 «О внесении изменений в Устав муниципального дошкольного образовательного учреждения Тогучинского района Тогучинского детского сада №5 «Аленький цветочек» комбинированного вида» Учреждение переименовано в муниципальное бюджетное дошкольное образовательное учреждение Тогучинского района Тогучинский детский сад №5 «Аленький цветочек» комбинированного вида. На основании постановления администрации Тогучинского района Новосибирской области от 11.05.2012 №566 «О создании муниципального казённого дошкольного образовательного учреждения Тогучинского района Тогучинский детский сад №5 «Аленький цветочек» комбинированного вида» Учреждение переименовано в муниципальное казённое дошкольное образовательное учреждение Тогучинского района Тогучинский детский сад №5 «Аленький цветочек» комбинированного вида.
Муниципальное казённое дошкольное образовательное учреждение Тогучинского района Тогучинский детский сад № 5 "Аленький цветочек" комбинированного вида переименовано в муниципальное казённое дошкольное образовательное учреждение Тогучинского района "Тогучинский детский сад № 5" согласно постановления администрации Тогучинского района Новосибирской области от 29.10.2015 г. № 1027.